参拝の記念として多くの人々が求める御朱印も、乙宮神社の大きな魅力の一つだ。季節の移ろいや例大祭に合わせて授与される限定御朱印は、洗練された墨書と鮮やかな朱印の対比が見事であり、御朱印集めの愛好家たちから高い支持を得ている。美しい和紙に一枚ずつ丹念に墨書される印は、それ自体が完成された美術品の趣を漂わせている。
ただし、限定御朱印を確実に授与されるためには、いくつかの注意点が存在する。授与所の開所時間や受け付けのルールは日によって異なる場合があり、混雑時には長い行列ができることも珍しくない。スムーズに拝受するためには、朝の早い時間帯に参拝を済ませ、心静かに授与所を訪れるのが鉄則だ。授与品を手にした瞬間の達成感は、旅の素晴らしい思い出となるに違いない。