莫大な寄付金がどのように管理され、使われているのか疑問に思う人も多いだろう。募金の管理と運用は、番組を制作する局とは独立した組織である公益社団法人24時間テレビチャリティー委員会が一括して担っている。
集まった全額は、福祉車両の寄贈、災害復興支援、環境保全活動という主に3つの柱に配分される。特に全国の福祉施設や障害者団体へ送られる「24時間テレビ号」と呼ばれる福祉車両は、これまでに万単位の台数が送られ、地域の重要な足として活用されてきた。近年では透明性の確保がさらに強化され、外部監査やWebサイトでの詳細な収支報告が徹底されている。