阿蘇警察署で日常的に行われる行政手続きのうち、特に問い合わせ頻度が高いのが「運転免許」「車庫証明」「遺失物」の3分野です。公式データに基づく手続きの概要と注意点は以下の通りです。
阿蘇警察署での免許更新については、優良運転者講習（ゴールド免許）、一般運転者講習、および事前に自動車学校等で高齢者講習を修了した方が主な対象です。更新申請時には更新連絡ハガキ、現行の免許証、手数料（熊本県収入証紙）が必要となります。最も注意すべきは、熊本市近郊にある「熊本県運転免許センター（菊陽町）」とは異なり、新しい免許証が即日交付されない点です。交付までは概ね3週間〜4週間程度を要するため、それまでの間は更新手続き完了のスタンプが押された免許証（裏面備考欄）を所持して運転することになります。
結婚や引っ越しに伴う阿蘇警察署での免許住所変更（記載事項変更）は、新住所を確認できる住民票の写し（マイナンバー記載なし）、マイナンバーカード、または新住所宛ての健康保険証・公共料金領収書などを提示することで、窓口の混雑状況にもよりますが10〜20分程度で即時完了します。
普通自動車の登録に必要な阿蘇警察署の車庫証明（自動車保管場所証明申請）は、申請書類の提出から交付まで中2日〜4日程度（土日祝除く）の期間を要します。申請手数料（約2,200円）と標章交付手数料（約550円）の合計約2,750円の熊本県収入証紙が必要です。なお、管内の町村部（南阿蘇村や小国町など）では軽自動車の保管場所届出が適用除外地域となっているケースが多く、普通車と軽自動車で必要書類の要否が異なる点も事前に確認しておくべきポイントです。
