『空の探検隊』を真の名作たらしめているのが、本編クリア前後で順次解放される全5編のスペシャルエピソードと、膨大なボリュームを誇るクリア後追加要素です。
スペシャルエピソード全5編の解放条件
メインストーリーの進行度に応じてトップメニューから選択可能になるエピソードは、単なる外伝ではなく、本編の裏側に隠された登場人物たちの心情を生々しく浮き彫りにします。
第1話「ビッパのねがいごと」：チャプター3クリア後（ギルド入門直後）に解放。見習い時代のビッパの葛藤と、ジラーチとの邂逅を描く感動作です。
第2話「てんさいププリン」：チャプター9「きりのみずうみ」クリア後に解放。ギルドの親方・プクリンの幼少期と、その師匠アーマルドとの切なくも温かい師弟関係の真相に迫ります。
第3話「本日の ドクローズ」：チャプター13クリア後に解放。悪役ポジションだったドクローズ結成秘話と、スカタンク・ドクロッグたちの意外な人間味が描かれます。
第4話「チャームズさんじょう！」：本編クリア後に解放。サロメタス遺跡を舞台に、サーナイト・ミミロップ・チャーレムからなる伝説の探検隊「チャームズ」の過去が明かされます。
第5話「あんこくのみらいで」：本編クリア後の特定イベント進行で解放。未来世界に残されたジュプトルとヨノワール、そしてセレビィたちの「その後」を描いた、本作屈指の涙腺崩壊ストーリーです。
トレジャータウンの革命「パッチールのカフェ」限定要素
前作『時・闇』からの最大の進化点として挙げられるのがパッチールのカフェです。不要なタネやグミを持ち込んでジュースを作ってもらうことで、基礎ステータス（HP、こうげき、とくこう等）を恒久的に底上げできるシステムが導入されました。
稀に発生する「大アタリ」ではステータスが大幅上昇するだけでなく、未知の隠しダンジョンが突如マップに開拓されます。さらに、不要な装備品をポイントに換えて貴重な道具と交換できる「リサイクル」や、「たんけんリサイクル」の福引システムなど、中毒性の高いやり込みインフラがここに集約されています。
