大会の総経費は、延期対応や徹底したコロナ感染予防策の追加により最終的に1兆4238億円（組織委員会・東京都・国合算）に達しました。当初見込んでいた約900億円のチケット収入が無観客によってほぼ全額吹き飛んだことは、大会財政に致命的な打撃を与え、東京都と国が巨額の公費負担を背負う結末となりました。
さらに大会終了後、社会に大きな衝撃を与えたのが東京地検特捜部による組織委員会元理事らを巡る受託収賄事件およびテスト大会・本大会の運営を巡る談合事件の摘発です。スポンサー選定や公式ライセンス商品の販売権などを巡り、大手広告代理店や有力企業幹部らが次々と起訴・有罪判決を受ける事態へと発展しました。
この不祥事は、巨大スポーツイベントの商業主義と不透明な意思決定プロセスの暗部を白日の下に晒し、その後の札幌市をはじめとする国内の冬季五輪招致断念へと直接つながる決定打となりました。
