抜歯後の口腔内から漂う独特の腐敗臭について、日本口腔外科学会の臨床知見や現場の歯科医師の報告を総合すると、単一の理由ではなく複数の生理的・細菌学的要因が絡み合って生じていることが分かります。主な原因は以下の4点に集約されます。
第一に、抜歯後の血餅と腐敗臭の関連です。歯を抜いた後の骨の穴（抜歯窩）には血液が溜まり、ゼリー状に固まった「血餅（けっぺい）」が形成されます。これは傷口を塞ぎ骨の再生を促す重要な組織ですが、血液成分やフィブリンが口腔内の常在菌によって分解される過程で、どうしても独特の生臭い臭気を放ちます。
第二に、親知らずの抜歯穴に詰まった食べかすの腐敗です。特に下顎の親知らずを抜いた後の穴は深く、米粒や肉片などの微細な食片が入り込みやすくなります。酸素の届かない深部に停滞した食べかすは、嫌気性細菌（ポルフィロモナス・ジンジバリス等）のエサとなり、わずか数日で硫化水素やメチルメルカプタンといった強烈なドブ臭（揮発性硫黄化合物）へと変化します。
第三に、抜歯窩に見られる白い塊の影響です。術後数日すると穴の表面に白や灰白色の膜状の塊が現れることがあります。これは多くの場合、生体が傷を治そうとする過程で分泌される「フィブリン（偽膜）」や白血球の残骸であり、膿ではありません。ただし、この組織自体もタンパク質であるため、細菌の分解を受けると臭気の発生源となります。
第四に、抜歯後の縫合糸に付着するプラークの臭いです。歯肉を縫合した糸（特に多孔性のシルク糸など）は唾液や細菌を吸着しやすく、抜糸までの数日〜1週間の間に強烈な臭いを放つ温床となるケースが少なくありません。
