生体に一切の害を与えずに飛ぶ虫を退治するには、物理的なトラップと環境改善を組み合わせるのが鉄則です。
最も安全かつ即効性が高いのが、UV-LED光誘引式の捕虫器です。虫が好む波長の光で引き寄せ、ファンの風圧邪で吸い込む、あるいは粘着シートで捕獲するタイプであれば、薬剤を一切大気中に放散しません。水槽の横や部屋の隅に設置しておくだけで、夜間に飛び回るユスリカやキノコバエを静かに回収できます。
水槽ガラス面やフタの裏に止まるチョウバエに対しては、粘着ローラー（コロコロ）やガムテープを使った物理的な捕獲が効果的です。逃げ足が遅いため、驚かせないようにそっと近づけて貼り付けるだけで確実に数を減らせます。
また、水面にトビムシが群生している場合は、一時的に水流を強めて水面の油膜を散らすか、キッチンペーパーを水面にサッと浮かべて一気に吸着回収する方法が有効です。メダカや小型カラシンなどを過密にならない範囲で混泳させている環境であれば、水面に落ちた幼虫やトビムシを生体が天然のおやつとして捕食してくれる利点もあります。
