現代の脳科学や睡眠医学の立場からは、多くの連れ去り体験に対して合理的な説明が試みられています。その筆頭が「睡眠麻痺（金縛り）」とそれに伴う入眠時幻覚です。
レム睡眠中に意識だけが覚醒すると、全身の筋肉が弛緩して動けない状態に陥ります。このとき脳内では強い恐怖感とともに「部屋の中に何者かが立っている」「胸の上を押さえつけられる」といったリアルな幻覚が生じやすく、これがエイリアンの来訪体験として解釈されるケースが多いと指摘されています。
しかし、睡眠医学だけでは説明がつかない決定的な違いも存在します。
【科学的睡眠障害とアブダクション現象の主な相違点】
・発生環境：睡眠麻痺はベッド上での就寝時に限られるが、アブダクションは車の運転中や屋外作業中など完全な覚醒時に突然発生する。
・時間的空白（ミッシングタイム）：単なる夢ではなく、時計やGPSデータ、第三者の行動記録において物理的に数時間の空白が証明される。
・身体的物理痕跡：皮膚への鋭利な切開痕、正体不明のあざ、放射線被ばく症状、体内からの未知の異物摘出など、幻覚では生じ得ない客観的証拠が残る。
また、催眠退行による証言採取についても、誘導尋問によって作られた「偽記憶（フォールス・メモリー）」のリスクが常に議論されています。科学的真実を突き止めるためには、心理的証言のみに依存せず、物証との厳密な照合が不可欠です。
