霰粒腫の摘出手術は、美容目的ではなく病気の治療を目的とするため、健康保険が適用されます。窓口での自己負担割合（3割負担の場合）に応じた費用の目安は以下の通りです。
手術費用そのものは、片目あたり約3,000円〜6,000円前後です。これに初再診料、術前検査代、処方薬（抗生剤や消炎鎮痛剤）の費用が加わるため、当日の窓口支払総額はおおむね5,000円〜8,000円程度を見込んでおけば問題ありません。しこりの組織を詳しく調べる病理組織検査を行う場合は、検査費用として数千円が加算されることがあります。
加入している民間の医療保険や生命保険の「手術給付金」の対象になるかどうかは、契約内容によって分かれます。「皮膚・皮下腫瘍摘出術」や「眼瞼結膜腫瘍摘出術」として正式な診療報酬点数が算定されるため、日帰り手術対応の保険プランであれば給付金（数万円程度）が支給されるケースが少なくありません。事前に保険会社へ「正式な手術名」と「外来での日帰り手術が対象に含まれるか」を確認しておくと、費用の持ち出しを大幅に抑えられます。
