通勤や通学で交通系ICカードを利用する場合、定期券の発行エリア制限に注意しなければなりません。Suica定期券はJR東日本の路線を含む区間、ICOCA定期券はJR西日本の路線を含む区間でしか原則として購入・搭載ができません。
例えば、大阪メトロと阪急電鉄のみを利用する定期券をSuicaに載せることはできず、同様に東京メトロと東急電鉄のみの定期券をICOCAに載せることも不可能です（連絡定期券の取り扱いは各社規定による）。
また、新幹線定期券や新幹線乗車サービスに関しても以下のような棲み分けが存在します。
東北・上越・北陸新幹線などのJR東日本管内を頻繁に利用する場合は「タッチでGo!新幹線」や「Suica FREX定期券」が快適に機能します。一方で、東海道・山陽新幹線を利用する場合は「スマートEX」や「エクスプレス予約」を併用することが前提となり、カード単体の機能だけに頼らない運用が求められます。
