紙の雑誌としてのコミックボンボンは幕を閉じましたが、その魂まで消滅したわけではありません。
講談社は公式漫画アプリ『コミックDAYS』や各種電子書籍ストアにおいて、往年のボンボン作品を続々と電子書籍化・復刻配信しています。紙の単行本が入手困難となっていた名作が手軽に読める環境が整備されたことで、リアルタイム世代の買い直しのみならず、当時を知らない若い世代への再評価が加速しました。
また、クラウドファンディングを通じた完全版単行本の出版プロジェクトや、作家陣によるSNS上での情報発信、YouTubeチャンネル「ボンボンTV」への屋号継承など、形を変えてその遺伝子は息づいています。子ども向けにおもねることなく、作家の尖った個性を前面に押し出したボンボンのDNAは、現代のデジタルコミックシーンにおいても確固たる存在感を示しています。