現在の南宮崎駅構内は、効率的な駅オペレーションと利用者の利便性を両立させた設備配置となっています。きっぷうりばにおけるみどりの窓口の営業時間は、JR九州の営業体制見直しに伴い、指定席券売機の導入とともに窓口営業時間が朝から夕方を中心とした特定時間帯に集約されています。早朝や深夜に指定席券や定期券の発券を予定している場合は、改札横に設置された高機能券売機を活用するのが確実です。
観光客が気になるコインロッカーの空き状況については、駅改札外のコンコースに中型・大型を含むロッカーが設置されています。宮崎駅に比べると利用競争率は低めで、平日・休日を問わず午前中であれば比較的スムーズに預け入れが可能です。万が一駅構内のロッカーが満杯の場合でも、前述の連絡通路を渡った宮交シティ館内にもロッカーが多数配備されているため、手荷物預けで立ち往生するリスクは極めて低いと言えます。
