宿選びの要となる食事面において、長崎にっしょうかんのバイキングは、長崎の郷土料理と旬の食材を幅広く網羅している点で高評価を得ています。夕食会場に並ぶのは、名物の長崎ちゃんぽんや皿うどん、近海で獲れた新鮮なお刺身の盛り合わせ、揚げたての天ぷらや実演コーナーの牛ステーキなど、バラエティに富んだ約40種類以上のメニューです。
現場の宿泊者アンケートや実食レビューでは、「ライブキッチンで提供される温かい料理が想像以上に本格的」「子どもから高齢者まで好みが分かれず安心できる」という声が目立ちます。また、長崎の伝統的な宴会料理である長崎にっしょうかんの卓袱料理を取り入れた会席プランも用意されており、ハトシ（海老のすり身トースト）や豚の角煮など、異国情緒あふれる和華蘭（わからん）文化の粋を味わうことも可能です。
朝食バイキングにおいても、長崎ならではの角煮まんじゅうや自家製フレンチトースト、あご出汁仕立ての味噌汁など、朝から活力の湧くメニュー構成となっており、朝の澄んだ光に照らされる長崎港を眺めながらの食事時間は、旅行者にとって忘れがたい時間となっています。
