経営難が表面化して以降、事態は泥沼の法廷闘争へと突入しました。元理事や債権者、さらには新たな役員陣の間で代表権の正当性や損害賠償を巡る複数の訴訟が提起され、法人運営そのものが麻痺する期間が続きました。法廷で争われた主な争点は、不適切な資金支出の責任の所在と、債権者への弁済計画の妥当性です。
一時は「新生田上霊園が破産するのではないか」という危機的な真相が取り沙汰され、管轄自治体である鹿児島市も事態を重く見て報告徴収や立入検査を実施。公益財団法人としての適格性を問う厳しい行政指導が行われました。債権者による差し押さえや競売申立ての動きも警戒されましたが、裁判所の関与のもとで財産の保全手続きが進められ、無秩序な解体は食い止められています。
一連の裁判手続きを通じて、法人の意思決定プロセスは徐々に司法の監視下に置かれることとなり、過去の経営陣による恣意的な運営に一定の歯止めがかけられました。しかし、過去に生じた巨額の負債整理には今なお慎重な法的調整が続けられています。