手作り鮭フレークを美味しく仕上げるための第一歩は、素材選びと下処理にあります。スーパーの鮮魚コーナーに並ぶ鮭には主に「生鮭（白鮭・銀鮭・サーモントラウト）」と「塩鮭（甘口・中辛）」が存在しますが、どちらを使っても絶品のフレークに仕立てることが可能です。
生鮭を使用する最大の利点は、塩分濃度を完全にコントロールできる点にあります。離乳食や減塩食を作りたい場合や、好みの醤油・みりんで甘辛く煮詰めたいときには生鮭が最適です。一方の塩鮭（甘口推奨）は、あらかじめ均一に塩味が浸透しているため、調味料を足しすぎず手軽に味が決まるという扱いやすさがあります。
どちらを選ぶ場合でも避けて通れないのが徹底的な臭み取りの下処理です。鮭の生臭さの主原因は、皮や身の表面に浮き出た余分な水分（ドリップ）に含まれるトリメチルアミンにあります。調理前にキッチンペーパーで表面のドリップを丁寧に拭き取り、全体に酒を軽く振りかけて2〜3分置いてから再度拭き取るだけで、魚独特のクセが劇的に軽減されます。
