公立施設ならではのリーズナブルな料金設定も、埼玉県立自然の博物館の大きな強みです。これだけ充実した展示内容でありながら、常設展の観覧料は一般（大人）200円、高校生・大学生100円、中学生以下は無料という破格の設定となっています。
もともと非常に安価な料金体系ですが、さらにお得に利用できる割引制度や無料開放日が存在します。
- 団体割引：20名以上の団体利用で一般120円、学生60円に割引。
- 各種手帳保持者：障害者手帳等をお持ちの方および介護者1名は観覧料免除（無料）。
- 県民の日（11月14日）：毎年「埼玉県民の日」は全来館者を対象に観覧料が無料開放されます。
- 各種連携割引：秩父鉄道が発行するお得なフリーきっぷや、提携観光クーポンの提示により団体料金が適用されるキャンペーンが実施される場合があります。
企画展開催時でも一般300円前後と非常に利用しやすい価格帯に抑えられており、家族連れや学生グループの旅行でも予算を圧迫せずに立ち寄れる優良スポットです。
