万波奈穂を語る上で欠かせないのが、実姉である万波佳奈四段の存在です。佳奈は2歳年上で、2000年代前半に女流棋聖を2連覇するなどトップを走り、姉妹揃ってメディアに取り上げられる機会が多くありました。
「万波姉妹」として出版された入門書やイベントは数多く、当時敷居が高かった囲碁の世界に女性や若年層のファンを呼び込む起爆剤となりました。幼少期から切磋琢磨してきたライバルでありながら、公私ともに支え合う姉妹の絆は非常に強固です。
姉の佳奈も結婚・出産を経験しており、子育てと棋士生活の両立に関する相談やサポートなど、同じ境遇だからこそ分かり合える関係性が万波奈穂の精神的な支柱となっています。