大学野球に詳しくないファンの間では、「東京六大学野球と東都大学野球は何が違うのか？」という疑問がしばしば投げかけられます。ネット上には一部誤解も散見されるため、両連盟の構造的な違いと事実を整理します。
最大の違いは、「完全実力主義の入れ替え戦制度」の有無です。東京六大学（早稲田、慶應義塾、明治、法政、立教、東京）は固定制であり、どんなに成績が低迷しても降格することはありません。一方の東都大学野球連盟は、1部から4部（現在は1部〜3部編成など時期により調整あり）まで厳格なピラミッド構造が敷かれており、過去に何十回優勝した名門校であっても、負けが込めば容赦なく2部や3部へと転落します。
また、「東京六大学の方がプロ野球選手を多く出しているのでは？」というイメージを持たれがちですが、近年のNPBドラフト指名数や現役プロ野球選手の総数を見ると、東都大学野球連盟出身者が六大学を上回るシーズンが幾度もあります。「試合数が多くタフな環境で鍛え上げられた東都戦士は即戦力になりやすい」というのが、球界関係者の共通認識となっています。
