結論から申し上げますと、「賀茂別雷神社」と「上賀茂神社」は同一の神社を指しています。神社本庁への登録名および宗教法人としての正式名称は「賀茂別雷神社（かもわけいかずちじんじゃ）」です。一方で、日常会話や観光案内、公共交通機関の行先表示などで広く親しまれている「上賀茂神社（かみがもじんじゃ）」は通称（愛称）にあたります。
なぜ正式名称と通称の双方が定着したのか。その背景には、古代山城国を支配していた豪族・賀茂氏の祭祀形態と、都を流れる鴨川（賀茂川）の地理的構造が深く関係しています。鴨川の上流側に位置する賀茂別雷神社を「上賀茂」、下流側に位置する賀茂御祖神社（かもみおやじんじゃ）を「下鴨」と呼び分ける慣習が平安期以降に定着しました。この2社を総称して「賀茂社（賀茂神社）」と呼ぶため、民衆の間では簡潔で位置関係が直感的に把握できる「上賀茂神社」の呼び名が広く普及したのです。
社伝によると、御祭神である賀茂別雷大神（かもわけいかづちのおおかみ）は、太古の昔、本殿北北西に位置する神山（こうやま）へ降臨されたと伝えられています。「別雷（わけいかずち）」の神名には「雷を別ける（分ける）ほどの強大な力を持つ」という意味が込められており、あらゆる災厄を打ち破る破邪顕正の神、すなわち究極の厄除け・方除（ほうよけ）の神として朝廷から庶民に至るまで絶大な信仰を集めてきました。
