手動での薬品投入は過不足が生じやすく、継続的な衛生維持が極めて難しいため、現在では井戸水用自動塩素滅菌器の導入が事実上の標準となっています。これは井戸ポンプの動作（水流）に連動して、高精度なダイヤフラムポンプが設定された比率で薬品を自動注入するシステムです。
機器の選定においては、耐久性、注入精度の高さ、薬品タンクのメンテのしやすさが評価基準となります。水処理機器市場をリードする株式会社川本製作所をはじめとする国内主要メーカーは、揚水ポンプと一体型となったコンパクトな滅菌装置や、流量センサー連動型の高度な注入技術を搭載した製品を展開しています。設置環境の電源電圧、井戸ポンプの吐出圧、薬品液の交換頻度などを総合的に考慮し、長期にわたって安定稼働する機材を選ぶことが失敗を防ぐ鍵となります。
