山南敬助の遺体は、壬生寺の近くにある浄土宗の寺院「光縁寺(京都市下京区)」に手厚く葬られました。光縁寺は山南が住職と親交を結んでいた縁から新選組の菩提寺となった場所であり、墓所には山南敬助の名が刻まれた墓石とともに、後を追うように亡くなったとされる明里の供養碑も静かに寄り添っています。
山南の人物像を現代の多くの人々に定着させた大きなきっかけの一つが、2004年のNHK大河ドラマ『新選組!』です。堺雅人氏が演じた山南敬助は、常に微笑みを浮かべながらも組織の未来を誰よりも憂う知性派として描かれ、第33回「友の死」で見せた切腹シーンは列島に大きな感動を呼びました。
冷徹な武力集団へと変貌していく新選組の中で、最後まで「武士としての品格」と「知性」を貫こうとした山南の生き様は、没後160年以上が経過した現代においても色あせることなく人々の心を惹きつけています。