ニンテンドーDSにおける太鼓の達人シリーズは、タッチペン操作による直感的な演奏を武器にヒットを記録してきましたが、その第3弾として登場した本作はゲームデザインの根本的な進化を遂げています。最大の特徴は、単なるミニゲーム集にとどまらない、全国マップを踏破していく本格ストーリーモード「ヨーカイ大決戦」の搭載です。
プレイヤーはどんちゃんを操作し、妖怪たちの悪巧みによって全国各地で巻き起こる異変を解決していきます。道中で立ちはだかる妖怪とのバトルでは、リズムに乗って演奏を成功させることで攻撃を繰り出しますが、敵も視界を遮る煙や偽音符などの多彩なお邪魔攻撃を仕掛けてきます。この「音ゲー×アクティブRPG」としての緊張感が、当時のプレイヤーに強烈な没入感を与えました。
太鼓の達人DSシリーズにおける明確な違いとして挙げられるのが、衣装にステータス効果が付与された点です。純粋な演奏力だけでなく「どの装備で敵のお邪魔を対策するか」というRPG的アプローチが導入されたことで、プレイスタイルの幅が飛躍的に広がりました。