井荻トンネルを利用するにあたって、法令上のルールを正しく把握していないドライバーやライダーが少なくありません。特に重大な事故に直結するのが、車両区分による通行規制です。
道路標識に基づき、本トンネルは井荻トンネル 原付 通行規制および井荻トンネル 自転車 歩行者 進入禁止の対象区間となっています。ここでいう原付とは50cc以下の原動機付自転車を指し、歩行者や軽車両（自転車・リヤカー等）とともにトンネル本線への進入は道路交通法第8条に基づき固く禁じられています。50cc以下の原付や自転車で環八を南北に縦断する場合は、必ずトンネル側道（地上部の側道および一般交差点）を利用しなければなりません。
一方、排気量125cc超の小型二輪・普通二輪・大型二輪はもちろん、道路運送車両法上の「第二種原動機付自転車（51cc〜125cc以下の原付二種）」については、自動車専用道路ではないため通行可能です。ただし、トンネル内は平均速度が高く大型トラックの通行量も多いため、小型バイクでの走行には十分な安全マージンが求められます。
また、速度超過の抑制を巡っては井荻トンネル オービス 取り締まりの噂が絶えません。現在、トンネル内部に旧来型の大型固定式オービスは設置されていませんが、警視庁交通機動隊による「可搬式（移動式）小型オービス」のゲリラ的設置や、出入口付近・側道合流部での白バイおよび覆面パトカーによる追尾式取り締まりが極めて頻繁に実施されています。法定速度（時速50〜60km/h規制）を大幅に超える暴走行為や車線変更違反に対しては、即座に検挙される体制が敷かれています。
