激闘の末に元の世界へ帰還したキョンは、病院のベッドで目を覚まします。周囲にはハルヒや古泉たちがおり、表向きは「キョンが階段から転落して意識不明になっていた」ことになっていました。そして迎えるのが、ファンから名シーンとして語り継がれる病院屋上での長門との対話です。
雪が静かに舞い落ちる中、長門は情報統合思念体が今回の改変を重大なエラーと見なし、自らの処分（初期化や消滅）を検討していることを示唆します。その告白を聞いたキョンは、毅然とした態度で次のように言い放ちます。
「もしお前を消そうとするなら、俺はハルヒに正体をバラして全力でドンパチやってやる」
この言葉は、ハルヒの持つ世界改変能力を盾にしてでも長門を守るという、キョンからの究極の宣戦布告であり、最大の告白でもありました。キョンの言葉を聞いた長門が、コートの袖をぎゅっと握りしめ、小さく「ありがとう」と返す仕草は、彼女の心に確かに温かな感情が根付いたことを証明しています。静謐な冬の空気と劇伴が織りなすこのラストシーンは、二人の関係性が新たな次元へと進んだことを美しく描き出しています。
