蜂蜜そのものが有害な毒物を含んでいるわけではない。問題は、自然界に広く存在する土壌菌であるボツリヌス菌の「芽胞（がほう）」が微量に混入している可能性にある。成人が摂取した場合、成熟した腸内細菌叢が菌の増殖を阻み、芽胞はそのまま体外へ排出されるため健康被害は生じない。
しかし、生後1歳未満の乳児はまったく異なる脆弱性を抱えている。腸内環境が未発達であり、善玉菌をはじめとする常在菌のバリアが完成していない。この無防備な消化管内に芽胞が侵入すると、菌が腸内で発芽・増殖し、極めて強力な神経毒素を産生し始める。この体内での毒素産生プロセスこそが、乳児特有の病態である。
