隠岐諸島へ向かう旅行者が最も混乱しやすいのが、本土側にある2つの乗り場――「七類港（しちるいこう／島根県松江市）」と「境港（さかいみなと／鳥取県境港市）」の使い分けです。両港は直線距離で約10kmほど離れており、アクセス手段や出航スケジュールが大きく異なります。
七類港は隠岐汽船の実質的なメインハブ港であり、年間の便数が最も多く設定されています。JR松江駅や米子駅から接続バス（フェリー接続シャトルバス）が運行されているほか、広大な無料・格安駐車場が整備されているため、自家用車で本土側の港まで来て島へ渡るパーク＆ライド派に最適です。
一方の境港は、JR境港駅（水木しげるロード至近）や米子鬼太郎空港からの距離が近く、鉄道や航空機を利用した公共交通機関でのアプローチに優れています。ただし、季節やダイヤ改正によって「午前便は七類発・午後便は境港発」といった形で発着場所が分散するため、「行きと帰りで本土側の港が異なる」という旅程になることも珍しくありません。レンタカーを本土側で借りて乗り捨てる場合や、駐車場に車を停めておく際は、帰港する港が一致しているかを必ず時刻表で突き合わせておく必要があります。
