受験生の最大の関心事の一つが、麻布大学への内部進学、とりわけ全国屈指の難易度を誇る獣医学部（獣医学科・動物応用科学科）への推薦ルートです。附属高校というアドバンテージを活かした特別推薦枠は確かに設けられていますが、「入学すれば誰でも獣医になれる」わけではありません。
特に獣医学部獣医学科への内部推薦枠は毎年数名程度の狭き門であり、高校3年間の評定平均値（内申点）でトップクラスを維持することや、付属高校生対象の選抜試験・面接で高評価を得ることが絶対条件です。学内選考を通過できなかった生徒は、他大学の獣医学部や農学・理系学部を一般入試または公募推薦で受験するケースが多く、高校側も外部受験を見据えた手厚い学習サポートを展開しています。
