卒業後の進路として、公立中学校へ進学する場合の指定校は主に調布市立第三中学校となります。部活動や学習指導に定評がある中学校であり、杉森小学校の卒業生が多数を占めるため、進学に伴う人間関係のギャップ（いわゆる中1ギャップ）が生じにくい点も地元進学組のメリットです。
一方、気になる中学受験の割合はおおむね20〜30%前後で推移しています。調布駅周辺には大手進学塾が多数集結していることもあり、都立三鷹中等教育学校や都立南多摩中等教育学校などの公立中高一貫校、あるいは京王線・中央線沿線の難関私立中学校を目指して通塾する児童も一定数存在します。受験する家庭と公立へ進学する家庭が自然に共存しており、受験直前期でも過度なピリピリ感に包まれることなく、互いを尊重し合える雰囲気が保たれています。
