ペットを機内に持ち込むか、それとも貨物室へ預けるかという議論は常に存在するが、日本国内の航空便では安全管理基準および動物愛護管理法の観点から、厳格な温度・湿度管理が施された専用スペースでの手荷物預け入れが基本となっている。ペットの命を守るための法令順守と安全確保は、航空会社にとって最優先の使命だ。
貨物室内は客室と同等の気圧と温度が保たれるよう設計されているものの、滑走路での移動時や離着陸時の騒音・振動はペットにとって少なからずストレスとなる。給水器の設置や普段使い慣れたタオルの同梱、さらには出発前の獣医師相談など、オーナー側が講じる事前の安全対策が、フライト中のペットの快適性を左右する重要な要素となる。