晴海総合高校の最大のアドバンテージは、生徒一人ひとりの将来像に合わせて組み立てる系列と選択科目の柔軟性にあります。1年次には「産業社会と人間」という必修科目を通じて自己理解とキャリア設計を徹底的に行い、2年次以降は自らの志望に合わせて時間割をカスタマイズします。
設置されている主な系列には、情報技術やプログラミングを学ぶ情報・システム系列、語学力や多文化理解を深める国際・ビジネス系列、美術やデザイン、音楽を追究する芸術・文化系列、環境科学や実験に取り組む自然・環境系列、経済や法学の基礎に触れる社会・経済系列などがあり、選択科目は100科目以上にも及びます。
「将来デザイン系の道に進みたいからデッサンと色彩構成を履修する」「語学系大学を目指すために第二外国語（フランス語・中国語など）と発展英語を組み合わせる」といった、普通科高校では実現が難しい履修プランが組める点が、主体的な学びを求める生徒たちを惹きつけてやみません。
