本作を語る上で最大の論点となるのが、原作漫画の最終回と劇場映画版（後章）における結末の分岐です。浅野いにおが紡いだ全12巻の原作と、映像として結実したアニメ版では、物語の着地点に明確な意図的差異が設けられました。
原作漫画におけるクライマックスでは、母艦の墜落と人類の狂気が極限に達し、東京壊滅という圧倒的な破局を迎えます。その果てに描かれたのは、門出とおんたんが経験した「無数の世界線と記憶の交錯」でした。並行世界の扉が開き、母艦が来なかった平和な別次元で二人が再び出会い、手を取り合うラストシーンは、絶望の果てに掴み取った希望の光として読者の胸を打ちました。
一方、劇場版後章のラストでは、浅野いにお自身がストーリー原案・脚本協力として参加し、映画独自のエンディングが構築されています。映画版では別世界線への完全な跳躍ではなく、崩壊した世界そのものを直視し、過酷な現実の中で「二人が生き続ける」選択をする姿が生々しく刻まれました。スクリーンの中で完結する一本の物語として、カタルシスと現実の重みを両立させたこの改変は、劇場公開時から多くの考察班を唸らせる結果となっています。
