同校を語るうえで外せないのが、全国クラスの実績を叩き出す運動部の存在感です。特に東京学館新潟の野球部は、2026年夏に新潟県大会を劇的に制して甲子園初出場を成し遂げ、県内の高校野球界に新たな歴史を刻みました。緻密なデータ分析と徹底した基礎練習を軸にした指導法は現在も受け継がれ、常に県内トップ争いに食い込む強豪としての地位を確立しています。
また、東京学館新潟のサッカー部も県内屈指の実力を誇る名門として広く知られています。県内主要大会での上位進出はもちろん、プリンスリーグ北信越での激闘など、ハイレベルな環境で磨かれた選手たちが全国大会の切符を争っています。陸上競技部や弓道部、さらには文化系の吹奏楽部なども活発に活動しており、文武両道を高い次元で体現できる環境が整っています。
