寺社巡りの大きな楽しみである御朱印集めにおいても、長谷寺は高い人気を集めています。授与所でいただける長谷寺の御朱印の種類は非常に多彩で、通常の墨書「十一面大悲殿」をはじめ、坂東三十三観音霊場第4番、鎌倉三十三観音霊場第4番、大黒天の御朱印などが揃っています。
特に近年コレクターや参拝者の注目を集めているのが、繊細なレーザー加工が施された季節限定の「切り絵御朱印」です。初夏のあじさいを透かし彫りにしたデザインや、秋の紅葉と本尊のシルエットが浮かび上がるアートのような御朱印は、数量限定で授与されます。
御朱印の受付は境内奥の朱印所で行われており、混雑時には書き置き（紙の御朱印）での対応となる場合もあります。限定デザインの御朱印は無くなり次第終了となるため、確実に入手したい方は午前中の参拝時にまず朱印所を訪れるのがおすすめです。
