ヘルシーな植物性甘味料として流通する一方で、「アガベシロップの危険性」や「体に悪い」といった声が上がる最大の理由は、その糖質構成にあります。アガベシロップに含まれる糖分のうち、およそ70〜85％が「果糖（フルクトース）」で占められています。
果糖はブドウ糖と異なり、体内で吸収された後にインスリンを介さず、主に肝臓で直接代謝されます。この代謝経路にはメリットがある反面、以下のような明確なリスクが存在します。
果糖を過剰に摂取し続けると、処理しきれなかった分が肝臓内で中性脂肪へと急速に変換され、「非アルコール性脂肪肝（NAFLD）」や高脂血症のリスクを高めます。また、体内のタンパク質と結びついて老化物質を生成する「糖化（AGEs）」を引き起こすスピードがブドウ糖の約10倍速いとも指摘されています。
一部で「異性化液糖（高果糖コーンシロップ）と同じくらい危険」と批判されるのは、この極端に高い果糖比率が原因です。決して毒物のような危険性があるわけではありませんが、「天然＝いくら食べても無害」と過信して大量消費するのは禁物です。
