佐賀関フェリーの時刻表は、早朝7時台から最終便の23時台まで、ほぼ1時間間隔で運航する1日16往復（計32便）の定時ダイヤが基本です。早朝出発で四国側の観光地へ向かうプランや、九州側でのビジネス後に夜便で帰路につくスケジュールなど、多様な旅程に柔軟に組み込めます。
海上交通を利用する上で常に留意したいのが天候の影響です。豊予海峡は潮流が速く、台風の接近や冬場の強風・高波によってダイヤの乱れが発生することがあります。乗船当日は公式ウェブサイトにリアルタイムで反映される国道九四フェリーの運航状況や欠航情報を必ず確認してください。悪天候が予想される日程では、運航判断の更新タイミングをこまめにチェックするのが鉄則です。
