天智天皇が崩御した翌年の672年6月、吉野の大海人陣営に緊迫した情報がもたらされます。近江朝廷側が美濃や尾張への連絡路を封鎖し、大海人の元へ兵粮を運ぶ道を遮断。さらに大海人暗殺の軍備を進めているという密告でした。自衛のための蜂起を決意した大海人皇子は、わずか二十数名の側近とともに吉野を脱出します。ここに古代日本最大の軍事内乱である壬申の乱の真相の火蓋が切られました。
大海人皇子の勝因は、迅速極まりない兵站確保と地理的・軍事的要衝の制圧にありました。大海人は近江朝廷の虚を突き、伊勢から美濃へと電撃的に転進。東国（東海・東山道）からの動員部隊が近江へ合流するルートを即座に遮断し、不破の関を固めて東国の数万の兵馬を瞬く間に掌握しました。大海人の妃・鸕野讃良皇女（後の持統天皇）の実家や、東国に根を張る尾張氏などの豪族たちが全面的に補給と軍事力をバックアップしたのです。
一方、近江朝廷は圧倒的に不利な状況に追い込まれました。中大兄時代から続く強権統治や無理な遷都、白村江の戦後負担に激しい不満を抱いていた大和・吉備・出雲などの有力豪族たちは、大友皇子の動員令に対してサボタージュを決め込み、あるいは公然と反旗を翻して大海人陣営へ寝返りました。朝廷が頼みとした畿内の豪族層すら一枚岩勢力ではありませんでした。
戦局は瀬田川の戦いで決着を見ます。大海人軍の猛攻にさらされた近江軍は総崩れとなり、大友皇子は側近とともに山前（やまさき、現在の滋賀県大津市付近）に逃走。逃れられぬ運命を悟り、自ら首を吊って果てました。わずか24歳前後の悲劇的な大友皇子の最期でした。こうして、天智天皇が心血を注いで築き上げた近江朝廷は、わずか一カ月あまりの電光石火の軍事行動によって灰燼に帰したのです。
