長浜バイオ大学の真骨頂は、出口戦略である就職実績と大学院進学実績にあります。一般的な私立文系大学とは異なり、学んだ専門性をダイレクトに活かせる業界への決定率が際立っています。
産業界への就職では、大手・中堅の製薬会社をはじめ、CRO（医薬品開発業務受託機関）、食品・醸造メーカー、化学系企業、臨床検査センターなどへ多数の技術系正社員を輩出しています。企業の人事担当者からは「学生時代に扱っている分析機器（HPLCや質量分析計など）のレベルが高く、入社後の研修がスムーズに進む」というリアルな評価が寄せられています。
また、特筆すべきは大学院進学率の高さです。卒業生の約25〜30%が大学院へ進学しており、自大学の大学院バイオサイエンス研究科だけでなく、京都大学大学院、大阪大学大学院、神戸大学大学院、奈良先端科学技術大学院大学（NAIST）などの難関国公立大学院へ数多くの合格者を送り出しています。学歴ロンダリングではなく、学部4年間で培った確かな研究実績を武器にステップアップを果たすルートが完全に確立されています。
