私立高校を選ぶ上で保護者にとって見逃せないのが麻布大学附属高校の学費・学費免除の制度設計です。初年度の学費総額（入学金・授業料・施設費・諸会費など）は約90万〜100万円前後となっており、神奈川県内の私立高校の平均的な水準に収まっています。
成績優秀者を対象とした「特待生制度（スカラーシップ）」も整っており、入試成績や中学校の内申点基準を満たすことで、入学金や授業料の全額または半額が免除される仕組みが導入されています。国の「高等学校等就学支援金」や神奈川県の学費補助金制度と組み合わせることで、実質的な学費負担を大幅に抑えて通学することが可能です。
