本作の原作は、作家・野坂昭如が1967年に発表した同名の中編小説（直木賞受賞作）です。この物語は著者の実体験を色濃く反映した私小説ですが、現実の出来事と映画（小説）のストーリーには決定的な乖離が存在します。
当時14歳だった野坂昭如自身も、神戸大空襲で養父を失い、1歳の義妹（恵子）を連れて福井県へと疎開しました。しかし、劇中で節子に無償の愛を注ぎ続けた清太とは対照的に、飢餓の極限状態に置かれた野坂は、「妹に与えるべき食糧を、空腹に耐えかねて自分が横取りして食べてしまった」という消し去れない過去を背負っていました。
夜中に激しく泣き叫ぶ妹の頭を思わず殴ってしまったこと、そして骨と皮ばかりになって息絶えた妹の姿——。生き残ってしまった野坂の胸の内に残り続けたのは、美談ではなく「自分が妹を餓死させた」という耐えがたい罪悪感でした。
野坂昭如は後に、小説『火垂るの墓』について「妹への痛切な贖罪であり、自分がなりたかった理想の兄を清太に託して描いた」と告白しています。劇中の清太の献身的な姿は、現実に妹を救えなかった原作者の深い後悔と鎮魂の祈りから生まれた虚構の姿でもありました。
