日本のインテリジェンス体制は、単独の巨大組織がすべてを統括しているわけではありません。内閣総理大臣と官邸を支える国家安全保障局（NSS）を司令塔とし、実質的な情報収集と分析は「インテリジェンス・コミュニティ」と呼ばれる複数の省庁組織に分散されています。
日本の諜報機関の全体像を組織図として整理すると、中核を成すのは以下の主要5機関です。
各機関はそれぞれ独自の収集手段と管轄分野を持ち、得られた重要情報を官邸へと集約するシステムをとっています。
1. 内閣情報調査室（内調）：
内閣官房に属し、各省庁から上がってくる情報の総合的な分析・評価を行い、首相へ直接ブリーフィングを行う組織です。内閣衛星情報センターを傘下に持ち、情報収集衛星（事実上の偵察衛星）の運用を一手に担っています。
2. 警察庁警備局：
全国の都道府県警察公安部門（警視庁公安部など）を指揮し、国内に潜伏する外国人スパイの摘発やテロ対策、過激派組織の監視など、治安維持に直結するカウンター・インテリジェンス（防諜）の現場実動部隊として機能しています。
3. 公安調査庁：
法務省の外局として、破壊活動防止法や団体規制法に基づき、オウム真理教後継団体などの国内危険団体だけでなく、北朝鮮やロシア、中国など日本に脅威を及ぼす外国勢力の動向を調査・分析しています。
4. 防衛省情報本部（DIH）：
自衛隊の陸海空から情報要員が集約された防衛省直轄のインテリジェンス機関です。後述する電波傍受をはじめとする技術情報の収集において、国内最大の規模と予算を誇ります。
5. 外務省国際情報統括官組織：
世界各地に展開する在外公館の外交官ネットワークを通じて、現地の政財界要人との接触や公開情報の精査から、国際情勢の戦略的分析を行っています。
