ICカードの普及によって便利になった反面、自動改札での「誤判定」や「二重引き落とし」のトラブルはゼロではない。特に、複数路線が入り組む新宿や渋谷といった巨大ターミナル駅では、どの改札を通ったかによって処理が変わることがある。
もし振替輸送の対象であるにもかかわらず、誤ってチャージ残高から運賃が引き落とされてしまった場合は、駅の窓口や専用アプリから修正申請を行うことができる。ただし、時間が経つと証明が難しくなるケースもあるため、不審な引き落としに気づいたら、その日のうちに駅員に確認するか、アプリの履歴を保存しておくのが鉄則だ。
