寺社巡りや御朱印収集家にとって見逃せないのが、御手洗祭および七夕祭の期間中だけに頒布される特別限定御朱印です。近年は、職人の繊細な技術が光る「切り絵御朱印」や、天神様の梅紋・七夕の天の川をモチーフにした金銀箔押しの豪華な見開き御朱印が授与されています。
限定御朱印の拝受場所は本殿前の授与所で、初穂料は1,000円〜1,500円程度。数量限定となるデザインもあるため、確実に手に入れたい方は午前中の参拝時に拝受を済ませておくのが確実です。直書きではなく書き置き（紙での授与）となるケースが多いため、折れ曲がり防止用のクリアファイルや御朱印ホルダーを持参すると安心です。
