秋田新幹線の利用で最も注意したいリスクが、天候や自然災害によるダイヤの乱れです。盛岡〜秋田間は専用の高架を走るフル規格新幹線ではなく、在来線の線路幅を広げた「ミニ新幹線」区間を走行しています。そのため、踏切が存在するほか、山間部を抜けるルートを通るため、大雨・大雪・強風・倒木・動物衝突（シカやカモシカなど）の影響を直接受けやすい特性を持っています。
冬期の豪雪や台風シーズンに移動する際は、必ず事前にリアルタイム運行状況をJR東日本公式アプリや公式サイトで確認してください。田沢湖線区間が運転見合わせになった場合、東京〜盛岡間のみ折り返し運転となり、盛岡〜秋田間はバス代行や運休となるケースがあります。
万が一、大幅な遅延や運休が発生した際は、えきねっと上での無手数料払いもどしや、後続列車への変更手続きが案内されます。駅の改札窓口は混雑するため、スマートフォン上で変更手続きを完結できるよう準備しておくのが得策です。
