食中毒を引き起こす原因として疑われるのは、黄色ブドウ球菌やウェルシュ菌、あるいは生野菜に付着した細菌類の繁殖です。ハイローラーは加熱処理を行わずに食べるコールドデリであるため、製造時の衛生管理はもちろん、購入後の持ち帰りプロセスが極めて重要な意味を持ちます。
夏場はもちろんのこと、冬場であっても暖房が効いた車内に放置したり、帰宅後の冷蔵保管が遅れたりすることで、劇的に菌が増殖するリスクが高まります。また、フライパンやトースターで「焼きハイローラー」にして食べるアレンジが人気ですが、中途半端な加熱はかえって菌の繁殖に適した温度帯（20℃〜40℃）を作り出してしまう危険性も指摘されています。
