お寺と神社の最も根本的な違いは、信仰の基盤となる宗教そのものにあります。お寺は海を渡って伝来した「仏教」、神社は日本古来の自然崇拝から発展した「神道（しんとう）」の施設です。
仏教は、古代インドの釈迦が開いた教えであり、修行や仏の教えを守ることで「悟りを開くこと」「苦しみからの解脱」を目指します。一方の神道は、山、川、岩、木、あるいは特定の祖先など、あらゆる森羅万象に神が宿ると考える「八百万（やおよろず）の神」を信仰する多神教です。
この宗教観の違いは、祀られている対象にも如実に現れています。お寺には本尊として、釈迦如来、阿弥陀如来、観音菩薩といった仏像や曼荼羅が安置されています。対照的に、神社では神様そのものの姿を直接見ることはなく、神様が宿る依り代（よりしろ）として鏡や剣、勾玉などの御神体が本殿の奥深くに奉安されています。
また、施設を護り儀礼を司る人物の呼称も異なります。神社で祭祀を行い祝詞を奏上するのは神主（宮司・禰宜）であり、お寺で読経や供養を行い仏の教えを伝えるのは住職（僧侶）です。神職は世襲制の家系も多く見られますが、僧侶は仏門に入り修行を積んだ宗教者という位置づけになります。
