私生活では、立教大学を卒業した後の1999年に大手建設会社（ゼネコン）に勤務する一般男性と結婚しました。相手が建築技師として国内外の現場を飛び回る多忙なビジネスマンだったこともあり、知性派カップルとして注目を集めました。
しかし、女優として舞台やドラマで多忙を極める小林綾子と、全国規模でプロジェクトを担当する夫との間で、次第にすれ違いが生じるようになります。互いに仕事へ全力を尽くす中で話し合いを重ねた結果、2010年に円満離婚を選択しました。
泥沼のトラブルや慰謝料問題などは一切なく、お互いの人生とキャリアを尊重した上での前向きな決断でした。現在はお子さんはおらず、一人立ちした大人の女性として、自分らしいペースで充実した日々を送っています。
