進路選択において最も現実的なハードルとなるのが費用面です。EXPG高等学院の学費は、一般的な公立・私立高校と比較して高額な部類に入ります。費用は大きく分けて「EXPG高等学院（サポート校）への納入金」と「提携するN高等学校への学費」の2階建て構造となっています。
初年度に必要な総額は、入学金や施設設備費、年間のレッスン受講料、提携高校の費用を合わせるとおおむね130万〜160万円前後が目安となります。3年間の総額では400万円前後の予算設計が必要となり、一般的な私立全日制高校と同等かそれ以上の教育投資が求められます。
経済的負担を軽減する手段として注目されるのが、EXPG高等学院の特待生制度や学費免除の仕組みです。入学オーディションや在学中の定期スキルチェックにおいて、卓越した才能と将来性が認められた生徒には、レッスン費用の全額または一部が免除される特待生枠が適用される場合があります。また、提携するN高等学校部分の授業料については、国の「高等学校等就学支援金制度」の対象となるため、世帯年収に応じた負担軽減を受けることが可能です。
