「保存ボタンを押したのにデータが消えてしまった」という相談は非常に多く寄せられます。結論から言えば、データが消去されたわけではなく、OSごとの階層構造の深い場所に格納されているケースがほとんどです。
iOSおよびiPadOSでは、iPhone ファイルアプリ PDF保存を行うと、デフォルトで「iCloud Drive」または「このiPhone内」の「ダウンロード」フォルダへと送られます。保存先が分からなくなった場合は、ファイルアプリを開いて画面右下の「ブラウズ」タブをタップし、上部の検索バーに保存したWebサイトのタイトルやドメイン名を入力してください。直近で保存したものであれば、「最近使った項目」タブから即座にアクセスできます。
保存時の迷子を恒久的に防ぐには、Safari PDF 自動保存 設定を見直しておくのが有効です。「設定」アプリから「Safari」>「ダウンロード」へと進み、保存先を「iCloud Drive」内の特定フォルダや「このiPhone内」に固定しておけば、毎回どのフォルダに保存されたか迷う心配がなくなります。