日本とフリーメイソンの関わりは、幕末の動乱期にまで遡ります。1853年のペリー来航の際、マシュー・ペリー提督自身をはじめ、黒船艦隊の幹部に多くのメイソン会員が含まれていました。その後、1864年に横浜外国人居留地で日本最初のロッジ「スフィンクス・ロッジ」が開設され、明治維新の近代化を陰で支えたトーマス・グラバーなども会員であったことが記録に残っています。
明治・大正期においては、明治政府が結社規制方針を取っていたため、日本人の加盟は原則として認められていませんでした。さらに昭和初期から太平洋戦争期にかけては、反メイソン宣伝や軍部による弾圧が激化し、日本国内での活動は完全に休止状態へ追い込まれました。
転換点となったのは第二次世界大戦後のGHQ（連合国軍最高司令官総司令部）による占領期です。ダグラス・マッカーサー最高司令官自身がフリーメイソンの最高位階を保持していたこともあり、活動が全面的に再開されました。そして1957年、フィリピン・グランドロッジから独立する形で現在の「日本グランドロッジ」が正式に発足し、日本人へ広く門戸が開かれることになりました。
