インターネット上では「船の科学館は跡地を売却して商業施設やカジノになるのではないか」「海洋教育事業から完全撤退するのか」といった憶測が散見されますが、これらは公式発表と照らし合わせると事実誤認です。
運営母体である日本財団は、船の科学館の将来像について「次世代の海を切り拓く新たな海洋教育・体験型拠点」としてのリニューアル構想を掲げています。昭和期のような「模型やパネルを並べるだけの静的展示」ではなく、海洋DX、環境保護、海洋資源開発、カーボンニュートラルといった現代的課題をテーマにした体験型・探究型の次世代ミュージアムへの転換が検討されています。
東京都が進める「東京臨海副都心まちづくり方針」や周辺エリア（青海・有明地区）の再開発計画との整合性を図りながら計画の具体化が進められており、完全な民間売却ではなく、公共的価値を持つ海洋拠点としての再構築が軸となっています。
